大智殿位於佛光山東山，緊鄰大佛城，在佛光山叢林學院男眾學部的區域內。

樓下是中央上人紀念堂，中央上人紀念堂，乃為紀念民國初年革命僧宗仰上人而設，上人是本山祖師，因他中興了棲霞，是禪宗臨濟法脈下第四十四代祖師。啟用時，開山大師曾說法偈曰：「是真性男兒，乃實踐佛陀救世誓願。

在我青年志士，共效法上人愛國精神。」充分說明希望來此同參共學的佛子們，緬懷上人行菩薩道的偉大精神，普化眾生。紀念堂樓上為大智殿，供奉大智文殊師利菩薩，與西山之大悲殿遙遙相望。

佛光山叢林學院男眾學部學生教學區，於一九七四年動土施工，建成後有一千餘坪用地，直至一九七五年十一月十六日大佛城接引大佛開光時，同時落成啟用。佛光山男眾佛學院教學區包括大智殿及宗仰上人紀念堂等，計有馬鳴樓、龍樹樓、無著樓、世親樓等四棟大樓。一九八三年，大師為鼓勵男眾青年學佛，特在原男眾學部學生教學區設立「佛光山叢林學院男眾學部」，「男眾學部」乃正式成立。一九九○年男眾學部北移台北縣石門鄉的北海道場。

一九九五年，再將男眾學部遷回東山的男眾學生教學區，直至今日。